Cynacholin stosuje się w schorzeniach żołądkowo-jelitowych dyspepsja, nudności, wymioty, wzdęcia, zaparcia, ból w jamie brzusznej, brak apetytu, pomocniczo w podwyższonym poziomie trójglicerydów i cholesterolu we krwi, jako środek profilaktyczny przeciw miażdżycy naczyń krwionośnych.
